مهمترین مهارت نینجاها ورود به قلمرو دشمن بود . این عمل بیشتر در شب انجام می شد. بنا براین نینجا مجبور بود منطقه را خیلی خوب بشناسد لذا به بینایی وشنوایی فوق العاده خوبی نیاز داشتند. آنها آموزش می دیدند که هنگام کار در شب به سرعت حرکت کنند. لباس نینجا طوری طراحی شده بود که حرکت با آن آسان باشد با جاهای متعدد برای حمل ابزار.

دومین مهارت نینجاها توانایی در تغییر قیافه و استفاده از لباس مبدل در زمانی که وارد قلمرو دشمن می شدند بود. بنابر این نیاز بود که آنها نحوه انجام کارهای بخصوصی را بدانند. از جمله نواختن فلوت بامبو ویا رقص سارو گاکو (sarugaku) .

همچنین آنها نیاز داشتند بدون آشکار کردن اینکه خودشان نینجا هستند اطلاعات سری را از مردم بگیرند . بنا براین آنها نوعی از روانشناسی را فرا گرفتند که میتوانستند از آن برای انجام اهدافشان هیپنوتیزم و فریب دادن استفاده کنند .نینجا ها همچنین می توانستند نشانه های طبیعی را با سرعت بخوانند.

سومین و غم انگیز ترین مهارت هنر ورود به قلعه دشمن بود. به منظور ورود به قلعه ای که توسط خندقی احاطه شده بود نینجا مجبور بود که در حرکت و کار کردن زیر آب مهارت یابد. آنها تجهیزات و تکنیکهایی برای شنا داشتند که آنها را قادر به حرکت بدون صدا در آب می ساخت.

تجهیزاتی که نینجا برای ورود به یک قلعه دشمن به کار میبرد شامل ابزار ویژه ای با اشکال گوناگون و مکانیزمهای بی نظیر بود . این ابزارها به نینجا ها کمک میکردند تا ماموریت هایشان را انجام بدهند.

بعضی از سلاحهای کوچک نینجا که جزو ملزومات کار بودند عبارت بود از:

داس ها شمشیر های آهنین ماکی بیشی(makibishi) (دانه ایکه برای آسیب رساندن به دشمن زمانی که بروی دانه ها می ایستاد به کار می رفت) و چاقوهای پرتابی و...

یکی از رمزهای مخفی که آنها از آن استفاده میکردند ترکیبی بود از پنج نوع مختلف از دانه های برنج رنگی.

قویترین سلاح هایشان غربال های دود و توپ های مشعشع بود که برای ساختنشان از باروت استفاده می شد. این سلاح ها فوق العاده موثر بودند. بعضی اوقات نینجا مجبور بود که چندین روز در قلعه دشمن بماند در چنین مواردی نینجا دیگر نمی توانست بخوابد بنابر این آنها همیشه یک داروی ضد خواب سری به همراه داشتند. از طرف دیگر نینجا ها داروهای خواب آور تهیه میکردند تا به وسیله آنها دشمنانش به خواب فرو روند و همچنین سم هایی که برای کشتن به کار می رفت.

هم اکنون استاد ماساکی هاتسومی بنیانگذار و احیا کننده سبک نینجا می باشد . مهارت های نینجاهای ژاپنی در ایران توسط استاد واديزاده و در تهران توسط نماینده ایشان استاد سالار فتحي آموزش داده می شود که از سبک تمرین ها و مهارت های والای نینجا های ژاپنی نشات گرفته و علم روز در هم آمیخته و علاوه بر آموزش مهارت ها وسلاح های سنتی قدیم اقدام به آموزش فنون روز دنیا می نماید و با آموزش این ورزش سعی در بالا بردن توان بدنی و فکری و روحی جوانان ونیروهای فعال این دوران می نماید.